Organik Tarımda kullanılan ürünlerin yanında toprak işleme de çok önemlidir. Tabi sadece organik tarımda değil tarımsal açıdan tüm üretim koşullarında toprak işleme çok önemlidir. 

Bilindiği üzere toprak işleme üretim yapılan arazinin kullanılmış kısmının bakir yani kullanılmamış kısmının üzerine getirilmesidir.  Yani toprağın devrilme işlemidir. Bu işlemler için pulluk rötovatör, dipkazan vb. aletler kullanılmaktadır. Ancak Organik Tarımda bu aletler kullanılması pek istenmez çünkü bu aletler toprağı yorar ve canlı popülasyonunun yaşamsal faaliyetlerini bitirebilir.

Organik Tarımda toprak işlemenin yerine bir önceki kalan ürünün sağ kısmının toprak yüzeyinde çürümesi sağlanır ve direk ekim yapılır. 

Ancak bu durum ülkemiz şartlarında pek mümkün değildir. Çünkü biz ülke olarak mekanizasyona o kadar çok alıştık ki artık her aşamada mekanizasyonu kullanmak bir elzem durum haline gelmektedir.